一被保险人驾驶丰田皇冠轿车在高速公路追尾碰撞一小货车，造成前杠、前盖、水箱及散热网等部位变形并损坏，交警判负事故的全部责任，经我司核定为12500元，第三者车损轻微，放弃索赔。后该车在修理厂维修的过程中，因水箱漏水，导致发动机过热，造成损坏，经核定该车发动机损坏修理费为10000元。该车在我司投保车损险保额为30元（该车投保时新车购置价为45万元），第三者责任险保额为10万元，不计免赔；请问：保险公司应如何赔偿？为什么？